Prije zahvata provodi se detaljna topografska analiza rožnice, na temelju koje se planira preoblikovanje njezine površine. Sve tri faze protokola izvode se u jednom postupku, ambulantno, nakon čega slijedi razdoblje zacjeljivanja. Ovisno o nalazu, tijekom godinu dana nakon zahvata provode se redovite kontrole radi praćenja stabilnosti rožnice i učinka protokola na vid.
Za razliku od pristupa koji se oslanja isključivo na standardizirani obrazac preoblikovanja, topografski vođeni princip Atenskog protokola nastoji, prema procjeni liječnika, uzeti u obzir individualne nepravilnosti Vaše rožnice. Time se, ovisno o nalazu, planiranje zahvata prilagođava specifičnom obliku rožnice svakog pacijenta, a ne unaprijed zadanom modelu. Nakon zahvata Vam se savjetuje pridržavanje uputa o njezi oka i redoviti dolazak na zakazane kontrole, kako bi liječnik na vrijeme uočio eventualne odstupanja u procesu zacjeljivanja.