Zahvat započinje početnim ravnanjem površine rožnice pomoću laserskog zahvata fototerapeutskom keratektomijom (PTK), kojom se uklanja epitel rožnice. Rožnica se zatim podvrgava parcijalnoj topografski vođenoj ablaciji (TGP), kojom se velikom preciznošću smanjuju mikronepravilnosti površine oka do točke koja ne ugrožava sigurnost pacijenta. Excimer laserom se obrađuje samo sloj debljine do 50 mikrometara da bi se očuvala mehanička struktura rožnice, koja se dodatno pojača istodobnom aplikacijom kornealnog cross-linkinga (CXL).
Prije zahvata se obično skida vanjski dio rožnice (epitel), takozvana EPI OFF metoda, i to alkoholom (vrlo rijetko), laserom (Crete protocol) ili Pallikarisovom mikročetkicom. Ukoliko se epitel ne skida, riječ je o EPI ON metodi, koja se izvodi kod posebnih slučajeva i u kombinaciji s drugim metodama. Kod ekstra tankih rožnica koristi se metoda Contact lens assisted CXL, cross linking s kontaktnom lećom natopljenom riboflavinom, posebnom vrstom i leće i riboflavina, koja omogućava izvođenje metode na jako tankim rožnicama.
Atenski protokol obavlja se u jednom aktu - zahvat kombinira PTK, TGP i CXL u isto vrijeme, čime se, prema opisu metode, ostvaruje sinergijski učinak koji ta tri zahvata izvedena u različitim vremenima ne postižu. Ako se TGP izvodi istodobno, odnosno neposredno prije CXL-a, omogućuje dublje prodiranje riboflavina i UVA zraka u rožnicu, čime se postiže veće moduliranje kolagena i pojačava čvrstoća rožnice. Kombiniranjem ovih zahvata, prema iskustvu poliklinike, smanjuje se i postoperativno vrijeme oporavka.